Laboratoire Taxinomie des microalgues
Le laboratoire de Taxinomie des micro-algues comprend plusieurs microscopes photoniques (Olympus) inversés (IMT2, IX51, IX71) et droit (BX51) équipés d’appareils de prise de vue (caméra, appareils photo) et de différentes techniques optiques permettant les observations en fond clair, contraste de phase, contraste interférentiel de Nomarski (DIC) et épifluorescence. Le LERBO a, par ailleurs, accès à la plateforme de microscopie électronique à balayage (MEB) de la station de biologie marine.
Ce laboratoire permet l’observation des micro-algues afin non seulement de les caractériser morphologiquement, mais également de les isoler pour mise en culture dans la souchothèque ou de les préparer pour analyses ultérieures en biologie moléculaire (PCR, séquençage) ou l’observation en microscopie électronique à balayage à effet de champ (Zeiss Sigma 300 de la Station de Biologie Marine du MNHN à Concarneau).
Grâce à l’isolement de cellules uniques (single-cells), il est possible d’obtenir la séquence génétique d’un organisme permettant de l’identifier (barcoding).
Pour la réalisation des analyses moléculaires, le laboratoire dispose des équipements nécessaires à l’amplification d’ADN (hottes PCR, micropipettes, thermocycleurs), à la visualisation sur gel d’agarose (cuve à électrophorèse, transilluminateur UV) et des moyens de stockage à – 20°C et – 80°C.
Pour le séquençage, plusieurs technologies de séquençage sont utilisées au laboratoire. Des séquenceurs de type Sanger (ABI Prism 3130) et NGS Illumina (MiSeq) sont disponibles et communs aux différentes équipes de la station. Par ailleurs, du séquençage de long brin par la technique ONT (Oxford Nanopore Technology) est réalisé dans le cadre de certains projets grâce à un séquenceur MinIon.
Le laboratoire dispose également d’un équipement pour la PCR quantitative (QuantStudio 5) qui permet de quantifier l’abondance d’espèces à partir de leur matériel génétique, sans nécessité de les observer. Cet outil sert au développement de nouvelles méthodes de détection/quantification d’espèces cibles.